《细胞大作战》首先是一部科普电影。如果对于人体的肠道知识有一定了解，可能看起来会更加入戏。影片涉及到人体肠道的菌群平衡和有害菌、无害菌、中性菌等，看完后会增加不少知识。《细胞大作战》同时也是一部剧情电影。创作者把人体的肠道当作了一个“人类世界”，把细胞、细菌等微生物当作了“人类社会”，影片中涉及的是一场危及“人类社会”生死存亡的危机，于是片中出现了正邪对立的两大阵营：乳酸菌、人体细胞、白细胞、中性粒细胞、自然杀伤T细胞、记忆T细胞就是正义的一方；而幽门螺旋杆菌、癌细胞、病原性大肠杆菌、产气荚膜杆菌等就成为了邪恶的一方，它们的使命就是让人体生病，最终毁灭人体。此外，影片还将调节性T细胞设计成一个“中性人”，她有保护免疫细胞的功能，但癌细胞通过“伪装”让自己成为免疫细胞的同类，从而当免疫细胞集体攻击癌细胞时，首先就面临着来自调节性T细胞的对抗，这一特性，让调节性T细胞成为了一个被假象蒙蔽了双眼的女杀手，她最后的“幡然醒悟”，是这部影片最高潮的地方。
片中最精彩的要算白细胞、记忆T细胞和自然杀伤T细胞联合起来跟癌细胞和调节性T细胞对决的场面，充满了日漫电影中常见的精彩打斗和想象力。癌细胞和白细胞之间的对话，也非常拟人化。两者都是杀手，前者的目的是消灭人体，后者的目的是保护人体。片中癌细胞对白细胞说，你的工作就是杀戮，你一生注定在矛盾的命运里挣扎，而我的目的是为了创造一个新的世界（让人体死亡），让所有的秩序恢复。这观点，像极了好莱坞电影中常见的想毁灭世界的反派。
